PCR實驗室布局原則上設計為試劑準備區(qū)、樣品制備區(qū)、擴增區(qū)和擴增產(chǎn)物分析區(qū)四個單獨的工作區(qū)域并設有專用走廊，各工作區(qū)域應設緩沖間，工作區(qū)與緩沖間宜安裝連鎖裝置。不同功能的工作區(qū)應是分隔獨立的，各工作區(qū)有明顯的標志，不能直通，如果緊密相連，需安裝物品傳遞窗。

　　前兩區(qū)為擴增前區(qū)，后兩區(qū)為擴增后區(qū)，擴增前區(qū)與擴增后區(qū)應嚴格分開。物品只能從擴增前區(qū)流向擴增后區(qū)，即從試劑準備區(qū)、樣品制備區(qū)到擴增區(qū)和擴增產(chǎn)物分析區(qū)，不得逆向流動。實驗室的氣流也應從擴增前區(qū)流向擴增后區(qū)，不得逆向流動。

　　四大區(qū)域應形成單向流線、宜采用全送全排。

　　各區(qū)域之間設計應具備單向的實驗工藝流、物流、人流與氣流，形成單向流程的保護屏障，避免實驗之間的相互干擾，防止氣溶膠擴散對實驗過程造成污染。

　　PCR實驗室并沒有嚴格的凈化要求，但是為避免各個實驗區(qū)域交叉污染的可能性，宜采用全送全排的氣流組織形式，嚴格控制送、排風的比例以保證各實驗區(qū)壓力要求。

　　另外，PCR實驗室內通常有生物安全柜、通風柜等生產(chǎn)設備，這類設備排風量大且使用時間有間隔性，并不與空調系統(tǒng)運行時間一致，這就導致有這些設備的房間在設備啟停的時候很容易失壓，原本正常的壓力梯度瞬間就破壞了。這正是PCR實驗室空調系統(tǒng)設計的難點所在。

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